In der Qualifikationsphase findet der Unterricht ausschließlich in Kursen statt. Die Kurswahlen erfolgen am Ende des 11. Jahrgangs für die Zeit bis zum Abitur. Bei LUKAS werden 3 Profile mit entsprechenden Schwerpunktfächern angeboten.

Die Qualifikationsphase dauert in der Regel zwei Schuljahre und gliedert sich in vier Semester (Schulhalbjahre). Die Leistungen werden in jedem Semester separat bewertet. Die Noten aller vier Semester fließen als Block I zu zwei Dritteln in das Abiturergebnis ein.

In der Qualifikationsphase kann man auch den schulischen Teil zu Erlangung der Fachhochschulreife absolvieren.

Eine Besonderheit der Qualifikationsphase ist das Seminarfach. Hier findet eine Einführung in wissenschaftliche Denk- und Arbeitsweisen statt. Dabei steht fächerübergreifendes und fächerverbindendes Lernen im Vordergrund. Schülerinnen und Schüler lernen an komplexen Zusammenhängen und üben selbstbestimmtes und eigenverantwortliches Lernen ein. Für die Arbeit werden außerschulische Lernorte einbezogen. Die Lehrkraft übernimmt im Lernprozess nur noch die Rolle des Beraters.